Το Εφετείο Θεσσαλονίκης διοικείται από Τριμελές Συμβούλιο (έναν Πρόεδρο Εφετών και δύο Εφέτες), το οποίο εκλέγουν ανά διετία οι υπηρετούντες στο Εφετείο Θεσσαλονίκης δικαστικοί λειτουργοί.
Το σημερινό Τριμελές Συμβούλιο Διεύθυνσης του Εφετείου Θεσσαλονίκης (από 1/10/2016 έως και 30/9/2018) αποτελείται από τους:
1. Αντώνιο Τσαλαπόρτα, Πρόεδρο Εφετών
2. Χρήστο Νάστα, Εφέτη και
3. Κλεόβουλο-Δημήτριο Κοκκορό, Εφέτη.