Το Εφετείο Θεσσαλονίκης οργανώνεται στα ακόλουθα τμήματα:

Διοικητικό
Πολιτικό
Ποινικό
Εκκαθάριση
Βουλεύματα
Καθαρογραφή
Αρχείο
Λογιστικού, Μηχανογράφησης & Πληροφορικής